Die Wissenschaftstheorie ist ein spezieller Zweig der Erkenntnistheorie und überschneidet sich häufig mit der allgemeinen Erkenntnistheorie.
Erkenntnistheorie beschäftigt sich damit, was Menschen überhaupt erkennen können, wie menschliche Erkenntnis zustande kommt (z. B. Empirismus und/oder Rationalismus), wie weit der Geltungsbereich und wo die Grenzen des menschlichen Erkennens sind.
Wissenschaftstheorie beschäftigt sich speziell mit der Frage, was Wissenschaft ist, wie sie von anderen menschlichen Erkenntnisbemühungen abgrenzbar ist, was die Kriterien (Voraussetzungen, Methoden, Begriffe, Zwecke, Ziele, Sicherheit, Motive, Interessen) für Wissenschaft sind und wie der Wahrheitswert ihrer Aussagen gemessen werden soll. (Z. B. Verifikation und/oder Falsifikation.)
In diesem Zusammenhang sind auch von Interesse die verschiedenen Wahrheitstheorien.
Alles, was Menschen geistig zugänglich ist, kann Gegenstand von Wissenschaft sein. Der Streit beginnt aber schon damit, was Menschen überhaupt geistig zugänglich ist. Einige Philosophen und Wissenschaftler meinen, die materielle Welt begegne uns auf Schritt und Tritt und deshalb könne es eine Wissenschaft von dieser materiellen Welt und ihren einzelnen Bestanteilen geben. (Z. B. Physik und Biologie.) Andere Philosophen meinen, das das, was wir von der materiellen Welt wüssten, immer nur unser subjektives Bild von ihr sei, oder noch weitergehender, wir hätten nur Bewusstseinsinhalte über deren Herkunft wir nichts wüssten. Deshalb beschäftige sich Wissenschaft nur mit den Erscheinungen oder Bewusstseinsinhalten, aber niemals mit einer »materiellen Welt« (über deren Existenz man gar nicht wissen könne).
Der Streit geht also u. a. darum, ob Wissenschaft etwas aussagt über die vom Menschen unabhängig existierende Welt, oder nur sein Bild von dieser Welt oder noch weitergehender nur über die Konstrukte der Menschen.
Damit zusammen hängt dann die Frage, ob Wissenschaft eine Suche nach absoluter Wahrheit ist, oder ob es vorrangig oder ausschließlich um die praktische Verwertbarkeit von wissenschaftlichen Erkenntnisen geht. (Pragmatismus)